È nato a Napoli l'11 febbraio 1967, nel quartiere di Posillipo. Esiste un altro calciatore nato nella stessa città, nella stessa data e con lo stesso nome, che ha fatto parte della rosa del Napoli nella stagione 1985-1986; essendo all'epoca entrambi nella stessa squadra, per differenziarli venivano chiamati per soprannome: al più anziano dei due toccò il nomignolo Stielike, con riferimento a un ex difensore della Germania Ovest noto per il suo energico stile di gioco.
Ha tre figli, tra cui Paolo, anche lui calciatore. Insieme alla famiglia, nel 2004 è comparso in una serie di spot televisivi della marca di yogurt Danette della Danone. In precedenza, nel 2002 era comparso, insieme a Fabio Cannavaro e Vincenzo Montella, nel film Volesse il cielo! di Vincenzo Salemme. Dalla stagione televisiva 2015-2016 è commentatore e opinionista tecnico per Premium Calcio. Nel 2019 partecipa al celebrity talent show di Canale 5, Amici Celebrities. A maggio 2005, sempre insieme a Cannavaro, ha creato la Fondazione Cannavaro-Ferrara, associazione di volontariato che si occupa dei bambini disagiati dei quartieri napoletani. vive a Torino.
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Affermatosi in giovane età, Ferrara era un difensore grintoso ma corretto, molto dotato atleticamente nonché valido sul piano tecnico. Abile in acrobazia e nel gioco aereo, spiccava per carisma e personalità,ed era in grado di adattarsi a diversi ruoli e moduli tattici: poteva infatti agire da stopper, libero e terzino; inoltre, pur essendo uno specialista della marcatura a uomo, nella quale non lesinava interventi decisi — per questo motivo, avversari come Zbigniew Boniek e Ryan Giggs lo annoverarono tra i difensori più difficili da affrontare —, dimostrò di potersi disimpegnare con profitto anche negli schieramenti a zona, a dispetto di qualche scetticismo.Il suo repertorio comprendeva altresì una buona propensione agli sganciamenti offensivi
Napoli
A quattordici anni venne costretto momentaneamente in carrozzella dalla sindrome di Osgood-Schlatter, e ripresosi esordì in Serie A con il Napoli il 5 maggio 1985, allo Stadio San Paolo contro la Juventus, partita del campionato 1984-1985. Nella stagione 1986-1987 vinse i suoi primi trofei: lo scudetto e la Coppa Italia. Nella 1989 il Napoli vinse il suo primo trofeo europeo, la Coppa UEFA, battendo in finale lo Stoccarda: nella finale di ritorno Ferrara segnò il gol momentaneo del 2-1.Dopo due secondi posti consecutivi in campionato, Ferrara vinse da protagonista un altro scudetto nel 1989-1990, seguìto dalla Supercoppa italiana conquistata contro la Juventus. Nel 1991, dopo la cessione di Diego Armando Maradona, divenne capitano del Napoli, suffragando il suo status di bandiera del club, molto apprezzata dalla tifoseria. In dieci stagioni vestì la maglia azzurra 323 volte: 247 presenze in Serie A e 12 gol, 47 in Coppa Italia con due segnature e una in Supercoppa italiana, 28 presenze nelle coppe europee e un gol.
Juventus
Nell'estate del 1994 viene ceduto alla Juventus, dove ritrova Marcello Lippi il quale già lo aveva allenato a Napoli. Pagato 9,4 miliardi di lire, contribuisce con un rendimento eccellente alla vittoria dello scudetto, il terzo della sua carriera, e della Coppa Italia, la seconda per lui. L'anno successivo vinse ai rigori la Champions League, allo Stadio Olimpico di Roma contro l'Ajax di van Gaal, realizzando il primo penalty per la Juventus. Nella stagione successiva gli venne affiancato Paolo Montero, con il quale comporrà per anni una coppia difensiva di alto livello. A Torino vinse sei campionati (ridotti a cinque dopo la revoca dello scudetto del 2004-2005), una Coppa Italia, quattro Supercoppe italiane, una Champions League, una Supercoppa UEFA, una Coppa Intertoto dell'UEFA e una Coppa Intercontinentale. Oltre a quella vinta nel 1996, ha disputato altre tre finali di Champions League: nel 1997 contro il Borussia Dortmund, nel 1998 contro il Real Madrid e nel 2003 contro il Milan. Il 15 maggio 2005, a trentotto anni, gioca la sua ultima partita ufficiale, contro il Parma allo Stadio delle Alpi. Si ritira al termine di quella stagione, vantando in tutto 500 partite in Serie A, nel corso di ventuno stagioni consecutive. Con la maglia bianconera ha giocato in totale 358 incontri: 253 partite in Serie A (più uno spareggio per l'accesso alle coppe europee) segnando 15 gol; 26 in Coppa Italia; e 3 finali di Supercoppa, con 2 segnature; 74 incontri europei con 3 centri e una presenza nella Coppa Intercontinentale. Al 2019 è quattordicesimo nella classifica di presenze in nella massima serie. Con Giancarlo De Sisti e Luciano Castellini, è uno dei tre calciatori ad aver collezionato almeno 200 presenze in Serie A con due differenti squadre
Dopo aver totalizzato 6 presenze in Under-21, esordì nella nazionale maggiore il 10 giugno 1987, a 20 anni, in Italia-Argentina (3-1), amichevole disputata a Zurigo. Venne convocato dal commissario tecnico Azeglio Vicini per il campionato d'Europa 1988 e il campionato del mondo 1990, che videro l'Italia giungere al terzo posto. Le due competizioni furono inframmezzate dalla partecipazione con la nazionale olimpica ai Giochi di Seul 1988, chiusi dagli italiani al quarto posto. Durante le qualificazioni per il campionato d'Europa 1992, Ferrara iniziò a essere impiegato con maggiore frequenza, insidiando la titolarità di Giuseppe Bergomi nel ruolo di terzino destro, ma, sul finire del 1991, l'approdo di Arrigo Sacchi sulla panchina dell'Italia determinò una brusca interruzione della sua carriera azzurra: dopo aver ricevuto tre convocazioni tra il novembre 1991 e il marzo 1992 (senza scendere in campo), il difensore partenopeo fu escluso per tre anni dal giro della nazionale, poiché ritenuto scarsamente adattabile alla marcatura a zona. Reintegrato nelle file azzurre a partire dal giugno 1995, Ferrara si affermò come titolare durante le qualificazioni al campionato d'Europa 1996, ma si infortunò prima dell'inizio della competizione, venendo sostituito dall'esordiente Alessandro Nesta. Sotto la guida di Cesare Maldini, successore di Sacchi, prese parte alle qualificazioni per il campionato del mondo 1998, ma dovette saltare anche quest'ultima manifestazione per via di un altro infortunio; al suo posto fu convocato il rientrante Bergomi. Il 23 febbraio 2000 scese in campo con la fascia da capitano degli azzurri nell'amichevole vinta 1-0 contro la Svezia. A trentatré anni venne convocato dal CT Dino Zoff per il campionato d'Europa 2000 chiuso dall'Italia al secondo posto, e dove nella sfida della fase a gironi contro la Svezia giocò l'ultima delle sue 49 gare in nazionale.
