Nella stagione successiva Zoff lasciò il posto all'allenatore Gigi Maifredi, il quale, dopo l'arrivo di nuovi giocatori come Roberto Baggio, Thomas Häßler, Júlio César da Silva e Paolo Di Canio, perse subito la Supercoppa italiana contro il Napoli per 1-5, e non riuscì a portare la squadra (terza dopo il girone d'andata) oltre il settimo posto finale in campionato, perdendo 0-2 all'ultima giornata in casa del Genoa. In Coppa delle Coppe la squadra fu eliminata in semifinale dal Barcellona, con Baggio capocannoniere della competizione. Così, dopo ventinove anni (l'ultima volta era stata nel 1961-1962), la Juventus non si qualificò per alcuna competizione internazionale.
L'avventura di Maifredi sulla panchina della Juventus durò un anno, così nella stagione 1991-1992 Trapattoni venne richiamato ad allenare i bianconeri. Con lui in panchina la squadra perse la finale di Coppa Italia contro il Parma e si piazzò seconda in campionato.
Nella stagione 1992-1993, dopo aver acquistato il tedesco Andreas Möller, Fabrizio Ravanelli e Gianluca Vialli, la squadra vinse per la terza volta la Coppa UEFA battendo per 3-1 in Germania (Dino Baggio e doppietta di Roberto Baggio) e per 3-0 a Torino (due gol di Dino Baggio e Möller) il Borussia Dortmund, con un punteggio complessivo di 6-1, record della manifestazione e dei tornei gestiti dall'UEFA. In quel torneo la squadra segnò 32 reti, per un totale di 106 nell'intera stagione. In campionato, invece, la Juventus si classificò al quarto posto, vincendo in casa del Milan il 18 aprile con doppietta di Möller e segnatura di Roberto Baggio. Al termine dell'anno solare, il Divin Codino venne premiato col Pallone d'oro.
Nel 1993-1994 debuttarono con la maglia bianconera Angelo Di Livio e Alessandro Del Piero, quest'ultimo simbolo della Juventus (oltre che capitano) per quasi un ventennio. La squadra terminò il campionato al secondo posto, staccata di tre punti dal Milan.
Nel 1994 ci fu l'insediamento ai vertici societari della cosiddetta Triade, composta dal direttore generale Luciano Moggi, dall'amministratore delegato Antonio Giraudo e dal vicepresidente, ed ex giocatore juventino, Roberto Bettega. Questa nuova dirigenza rimarrà alla guida sportiva ed economico-finanziaria del club fino al 2006. Contestualmente, come allenatore fu scelto l'emergente Marcello Lippi, che sedette sulla panchina bianconera a partire dalla stagione 1994-1995.
Biennio 1994-1996: il secondo double e la vittoria della Champions League
Nel 1995, dopo nove anni, la Juventus tornò alla conquista del titolo nazionale, il ventitreesimo, con 96 reti siglate in tutta la stagione e, in campionato, dieci punti di vantaggio sul tandem al secondo posto della classifica, Lazio e Parma (record di squadra nei campionati con tre punti a vittoria, poi battuto dai diciassette della Juve del 2013-2014). I torinesi vinsero anche la loro nona Coppa Italia proprio a spese dei ducali, realizzando così la seconda "doppietta" della storia bianconera. In Coppa UEFA il club raggiunse per la quarta volta la finale, dove si trovò di fronte ancora gli emiliani che stavolta ebbero la meglio (0-1 al Tardini, e 1-1 nel ritorno giocato a Milano). La stagione fu altresì segnata dal lutto per la morte del giovane e promettente terzino Andrea Fortunato, scomparso per una grave forma di leucemia il 25 aprile del '95.L'anno successivo la Juventus giunse al secondo posto della Serie A, a otto punti di distanza dal Milan, e conquistò il 17 gennaio 1996 la sua prima Supercoppa italiana, superando nuovamente il Parma, per 1-0, al Delle Alpi. Con questo trofeo, i piemontesi divennero i primi a vincere le tre maggiori competizioni nazionali nello stesso anno. La squadra concluse la stagione con il trionfo in Champions League (ex Coppa dei Campioni), che venne vinta il 22 maggio del '96 nella finale di Roma contro l'Ajax, battendo gli olandesi 5-3 ai tiri di rigore dopo che i tempi supplementari si erano conclusi sul 1-1.
La Juventus Football Club festeggiò nel 1997 i cento anni dalla sua fondazione istituzionale: allo scopo di celebrare questa ricorrenza, la società e le autorità della città di Torino organizzarono una serie di manifestazioni denominate Juvecentus (1897-1997; Cento anni di Juve). Dal 22 al 27 maggio 1997 venne presentata al Lingotto l'attività editoriale, multimediale e filatelica del club. In occasione del secolo di vita bianconero fu poi organizzata la cosiddetta Coppa del Centenario-Trofeo Repubblica di San Marino contro gli inglesi del Newcastle (la Juventus indossò una speciale divisa rosanero che ricordava la prima, storica, casacca della società), disputata allo Stadio La Fiorita di Cesena il 3 agosto.A fianco di queste iniziative, infine, venne allestita la Mostra del Centenario, a illustrare l'origine e l'evoluzione del club, e creato un fanclub con più di 10.000 membri.La stagione 1996-1997 fu inaugurata con una nuova vittoria, nella doppia finale di Supercoppa UEFA contro il club vincitore della Coppa delle Coppe, il Paris Saint-Germain (6-1 in trasferta all'andata e 3-1 a Palermo nel ritorno): il 9-2 complessivo è lo scarto più grande mai raggiunto nelle finali UEFA. In seguito, il 26 novembre 1996 a Tokyo, la squadra conquistò anche la seconda Coppa Intercontinentale contro i campioni sudamericani del River Plate. Il ventiquattresimo scudetto della storia bianconera venne conquistato con 65 punti, mentre in Champions League la squadra perse poi per 1-3 la finale giocata a Monaco di Baviera, il 28 maggio 1997, contro il Borussia Dortmund.
L'anno successivo la squadra vinse la Supercoppa Italiana sul Vicenza per 3-0, quindi a fine stagione arrivò il venticinquesimo scudetto con 5 punti di vantaggio sull'Inter. Nella terza finale consecutiva di Champions League, giocata ad Amsterdam il 25 maggio 1998, la Juve cedette per 0-1 al Real Madrid; Del Piero si aggiudicò il titolo di capocannoniere della manifestazione con 10 reti.La stagione 1998-1999 partì con la sconfitta (1-2) della squadra nella Supercoppa Italiana contro la Lazio. In Champions League i bianconeri sfiorarono la quarta finale consecutiva uscendo dalla Champions in semifinale per mano del Manchester United. Dopo la sconfitta per 4-2 contro il Parma a metà del girone di ritorno Lippi si dimise e fu sostituito da Carlo Ancelotti, che conduce la squadra al settimo posto qualificandosi per la Coppa Intertoto, dopo spareggio con l'Udinese.